Sto let po 4. Velké válce ninjů byl klid. Nyní je příměří porušeno. Vesnice se rozdělily do dvou frakcí. Yin a Yang. Tyto dvě frakce jsou na rozdíl od předchozích vesnic zapřísáhlými nepřáteli. Tak začala 5. Válka. Ve vesnicích stále vládnou volení Kagové, avšak ti mezi sebou ještě soubojem volí Yina a Yanga, vůdce frakcí. Bijuu se rozutekli do světa a dlouho je nikdo neviděl.
Pojďtě, hrdí ninjové a bojujte za svou zemi!